Valgreinar standa nemendum í 8. - 10. bekk til boða og er þeim ætlað að auka fjölbreytni í námi. Kennsla í valgreinum er á mánudögum og fimmtudögum, 2 kennslustundir hvorn dag.
Í valgreinakennslu er skólaárinu skipt í 4 lotur og er hver lota um 6 - 7 vikur að lengd. Nemendur eru í tveimur valgreinum, einni hvorn dag sem valið er kennt, og velja svo upp á nýtt í upphafi hverrar lotu. Reynt er að koma flestum nemendum í þá valgrein sem þeir setja í fyrsta sæti á valblaði en það er ekki alltaf hægt þar sem sumar greinar eru mjög vinsælar. Brekkubæjarskóli hefur lagt áherslu á að valgreinar séu fjölbreyttar.