Í Brekkubæjarskóla er starfandi nemendaráð. Samkvæmt lögum um grunnskóla vinnur nemendaráð að félags-, hagsmuna-og velferðarmálum allra nemenda. Í nemendaráði sitja nemendur af unglingastigi og eru 6 fulltrúar úr hverjum árgangi. Formenn nemendaráðs eru tveir og eru kosnir að vori. Nemendaráð fundar vikulega en mætir einnig reglulega á fundi skólaráðs og skólastjórnar. Einnig hafa farið fram vinnusmiðjur fyrir nemendaráð beggja grunnskólanna á Akranesi í samvinnu við frístundamiðstöðina Þorpið og verkefnastjóra frístunda-og forvarnarmála.
Í vinnusmiðjunum fræddust nemendaráðin um hlutverk sitt, ábyrgð og verkefni og veltu fyrir sér tækifærum nemenda til að hafa áhrif á skólastarf. Skipt var í nefndir sem lögðu krakkarnir fram hugmyndir um þróun, breytingar og ný verkefni nemendaráðs. Fulltrúar ráðsins kynntu svo vinnuna fyrir starfsfólki. Á vorönn 2023 kynnti nemendaráð Brekkubæjarskóla niðurstöður þessarar vinnu á starfsmannafundi og vakti meðal annars athygli á mikilvægi bekkjarfunda fyrir nemendalýðræði og þátttöku nemenda. Í kjölfarið unnu starfsmenn með hugmyndir og ábendingar nemenda.
Á haustönn 2023 var haldið námskeið fyrir starfsfólk skólans um bekkjarfundi og eru þeir nú fastur liður í stundatöflu alla bekkja.
Skólaárið 2023-2024 störfuðu tveir starfshópar á vegum nemendaráðs; spjallarahópur og fréttahópur.