Samkvæmt grunnskólalögum nr. 91/2008 er starfrækt nemendaverndarráð í Brekkubæjarskóla. Það starfar samkvæmt reglugerð nr. 584/2010 um sérfræðiþjónustu sveitarfélaga við leik- og grunnskóla og nemendaverndarráð í grunnskólum.
Hlutverk nemendaverndarráðs er að samræma skipulag og framkvæmd þjónustu við nemendur varðandi skólaheilsugæslu, náms- og starfsráðgjöf og sérfræðiþjónustu og vera skólastjóra til aðstoðar um framkvæmd áætlana um sérstaka aðstoð við nemendur. Samstarfið getur verið bæði vegna einstakra nemenda og forvarnarstarfs.
Í nemendaverndarráði Brekkubæjarskóla eiga sæti skólastjóri, deildarstjóri, félagsráðgjafi, skólahjúkrunarfræðingur og náms- og starfsráðgjafi. Nemendaverndarráð heldur fundi einu sinni í mánuði og sitja félagsráðgjafar frá barnavernd líka fundina. Nemendaverndarráð fjallar um úrræði í málum nemenda og ákveður til hvaða úrræða og aðgerða verði gripið og hverjir taka verkefnin að sér. Ráðið getur kallað á sinn fund þá aðila innan skólans og utan sem það telur að geti upplýst sig um ákveðin málefni. Full trúnaðarskylda fundarmanna gildir á öllum fundum nemendaverndarráðs.
Fundir eru bókaðir og farið með allar upplýsingar samkvæmt reglum um meðferð trúnaðargagna.